Ambas carreras son algo "parecidas" y muy difíciles, los bioquímicos se dedican mas a la parte de investigación pueden trabajar en diferentes lados, si quieres inclinarte por esa área de la bioquímica elige bioquímica y no Ing. civil bioquímica ya que en campo laboral, últimamente los bioquímicos tienen mas empleabilidad.
Si tomas en cuenta el factor dinero los químicos farmacéuticos ganan mayor sueldo y también tienen un alto porcentaje de empleabilidad y campo laboral por montones.
Como dice el comentario de arriba te conviene revisar la malla de cada carrera en la U que te interesaría estudiar y el enfoque que le dan, que malla te gusta mas, en que te ves, etc.
Yo elegí QyF, no me gustan mucho las investigaciones aunque no me salvaré de ellas jaja. Bueno lo otro esque si te gusta el laboratorio clinico en donde pueden trabajar los químicos farmaceuticos, bioquímicos y tecnologos, aunque los tecnologos sean mas especializados el QF es el que tiene un mayor cargo laboral :S
Suerte